Пичалька. Нашел критикал баг в алгоритме хэширования, из-за которого при определённых условиях не слишком похожие картинки имели похожий хэш, а небольшие изменения картинки давали слишком различный по сравнению с оригиналом хэш. Затронуты, скорее всего, все картинки, но на результаты поиска влияет только у нескольких тысяч картинок.
Фикс есть, но обновление базы займёт какое-то время (ориентировочно - неделю). Сервис продолжить работать как есть, но нужно учитывать, что до исправления бага на результаты поиска полагаться можно не всегда. Зато со следующим патчем будут добавлены кое-какие плюшки.
TL;DR: дубликаты некоторых картинок не находятся текущими средствами.