Мрачные времена настали для мутантов и всего человечества. Стражи, созданные Боливаром Траском, превратили весь мир в руины. Обычными методами воевать с ними уже невозможно, поэтому Росомаха отправляется в прошлое, дабы исправить ошибки прошлого и предотвратить катастрофу.

Фильм является сиквелом одновременно и "Люди-Икс: Первый класс", и оригинальной трилогии, и призван объяснить все несостыковки между ними.