Начало этой игры напоминает предыдущую: юноша, Хадзимэ Хината, который подвергся амнезии, стал одним из учеников академии «Пик надежды», наряду с пятнадцатью другими учениками, которые имеют особый талант. Учащиеся оказываются на отдалённом от цивилизации тропическом острове, который имеет название Бармаглот. Там же они встречают своего предполагаемого учителя, Усами, который похож на игрушку в виде крольчихи, к тому же розового цвета. Усами утверждает, что это обычная поездка, однако всё складывается слишком хорошо, чтобы быть правдой. Поэтому вскоре директор академии, Монокума, объявляет, что все они застряли на острове на всю жизнь и спастись смогут лишь в том случае, если убьют другого ученика и выйдут сухими из воды. Если учащиеся академии смогут определить убийцу на классном собрании, которое проводится после каждого найденного трупа, то он будет казнён, а в том случае, если никто не отгадает убийцу или сделают неправильный выбор на голосовании, то победителем будет убийца, который отправится домой, а все остальные будут приговорены к смертной казни.