Действие новеллы происходит примерно через 50 лет после событий "Da Capo".
Главный герой Ёсиюки живёт по соседству с сёстрами Отомэ и Юмэ, которые приходятся внучками Дзюнъити и Нэму из первой игры. Вся история вертится вокруг магического дерева сакуры, исполняющего желания. Прошли годы, и дерево начало исполнять все желания, независимо от того, хорошие они или нет. Главным героям предстоит разобраться с этим и спасти Хацунэдзиму.